Nasceu por volta de 1445, em Borba, no distrito de Évora, em Portugal.
Gil, por ter nascido em Borba, era também chamado de Gil de Borba.
Gil frequentava a igreja de Santa Cruz da Praia.
Possuía terras em Beljardim, e foi "dos mais ricos de seu tempo".
Casou-se na Ilha Terceira, no Arquipélago dos Açores, com Isabel Rodrigues Fagundes, filha de Rodrigo Affonso Fagundes e de [...].
Foi pai de seis filhos e cinco filhas:
1.1. Maria Rodrigues Fagundes, casada com Fernão Vaz Fagundes, nascido na Ilha Terceira, filho de Luís Vaz Fagundes e de [...].
1.2. Lopo Gil Fagundes, casado com Catharina Affonso de Azevedo, filha de Diogo Fernandes de Boim e de Marinha Affonso de Azevedo. Após a morte de Catharina, Lopo casou-se pela segunda vez, com Martha de Azedias, filha de Álvaro Annes Alenquer e de Maria Pereira de Sousa.
1.3. Catharina Gil Fagundes, casada na Ilha Terceira, com seu primo, Fernão Vaz Fagundes, filho de Luís Vaz Fagundes e de [...]. Catharina faleceu em 9 de Outubro de 1569, em Praia da Vitória, na Ilha Terceira, no Arquipélago dos Açores.
1.4. Manoel Rodrigues Fagundes, casado com Maria Cardoso Machado, nascida na vila de Ribeira Grande.
1.5. João Gil Fagundes, casado com Maria Gonçalves Machado.
1.6. Diogo Gil Fagundes, casado com Maria da Câmara.
1.7. Álvaro Gil Fagundes, casado com Maria Nunes de Lemos.
1.8. Francisco Rodrigues Fagundes.
1.9. Clara Gil Fagundes, casada com Gaspar Gonçalves Machado Ribeira Seca, nascido em 5 de Janeiro de 1449, em Ribeira Seca, filho de Gonçalo Annes da Fonseca e de Mécia de Andrade Machado. Após a morte de Clara, Gaspar casou-se pela segunda vez, com Catharina Cardoso.
Gaspar e Clara herdaram a terra de Gil de Borba em Beljardim.
1.10. Iria Gil Fagundes, casada com Gaspar de Barcellos Mariz, filho de Pedro Pinheiro de Barcellos Mariz e de Inês Gonçalves Machado.
1.11. Graça Rodrigues Fagundes, casada com Álvaro Martins Fagundes. Álvaro faleceu em 1556.
