Nasceu em 1622, na Ilha Terceira, no arquipélago dos Açores, em Portugal.
Foi um dos dois filhos de Manoel Pacheco Linhares e de Beatriz da Borba Gatto.
Casou-se no Brasil com Anna da Veiga Paes, filha do Capitão João Paes e de sua segunda esposa, Suzana Rodrigues, a Moça.
Manoel veio para o Brasil pouco antes de 1628, com seu tio paterno, Capitão Belchior da Borba Gatto.
Em 1674, Manoel foi testemunha no processo de emancipação de seu primo, Balthazar da Borba Gatto.
Manoel e Anna eram, respectivamente, irmãos de João de Borba Gatto e Sebastiana Rodrigues, pais do famoso bandeirante Manoel da Borba Gatto.
Manoel faleceu em 18 de Agosto de 1692, em São Paulo, SP, e foi sepultado na igreja da Ordem Terceira do Carmo.
Em seu testamento, Manoel declara:
Rogo a meu filho Manuel Pacheco Gato e a meu filho Martinho Paes de Linhares, por serviço de Deus, e por me fazer mercê, queiram ser meus testamenteiros.
Meu corpo será sepultado na capela dos irmãos terceiros de Nossa Senhora do Monte do Carmo.
Declaro que sou casado à face da igreja com Anna da Veiga de quem tenho cinco filhos e uma filha que todos são meus legítimos herdeiros.
Declaro que dotei a minha filha e lhe tenho pago o que lhe prometi.
Declaro que tenho uns chãos no outão das casas do defunto Cornélio Rodrigues de Arzão. E assim mais tenho nas cabeceiras de Bouguassu [Embu-Guaçu] e na paragem aonde agora moro e lavro.
Declaro que destas terras tenho dado à minha filha trezentas braças de testada de sertão das cabeceiras de Bou da paragem onde moro.
Declaro que dei uma armação a meu filho Manuel Pacheco.
Declaro mais que tenho cem braças de terras por uma escritura que tenho de minha tia Anna
Rodrigues na paragem chamada Tapiipissapé [Itapecerica da Serra]; e junto a estas tenho outras 63 braças que comprei de minha tia Elvira Rodrigues, das quais também tenho escritura.
E por não poder escrever roguei a João Gonçalves do Prado, este por mim fizesse e assinasse como testemunha.
E ao final da partilha, o juiz, Pedro Ortiz de Camargo declarou:
E ficou líqüido para partir entre a viúva e herdeiros 25$460 réis.
Todos estes bens lançados ficam entregues á viúva, por assim o requererem seus filhos, que não queriam tirar nada sua mãe, por ser uma limitação. E fica a viúva obrigada a pagar o funeral e legados e custas e revista do testamento, por se ficar com toda a fazenda por em cheio, a consentimento de seus filhos
Foi pai de cinco filhos e uma filha:
1.1. Belchior de Borba Paes (Belchior da Borba Gatto), casado em 14 de Novembro de 1687, em Santo Amaro, SP, com Maria Domingues de Pontes, filha de Pedro Nunes de Pontes e de Inês Domingues Ribeiro. Belchior faleceu em 1739, em Santo Amaro. Maria faleceu em 1737, e Belchior em 1739, ambos em Santo Amaro.
1.2. Manoel Pacheco Gatto, o Filho, nascido em 1652. Casou-se por volta de 1680, com Francisca da Costa (Cruz), nascida em 1660, em Cotia, SP, filha de Domingos Gonçalves da Cruz e de Isabel da Costa (Carvalho). Manoel faleceu em 16 de Julho de 1715, e Francisca em 1729, ambos em Cotia, SP.
1.3. Capitão Antonio Pacheco Gatto, casado com Ângela de Castro Rego, filha de Frutuoso do Rego e Castro e de Bernarda de Alarcão e Luna. Ângela faleceu em 1706.
1.4. Capitão Martinho Paes de Linhares, casado com Isabel da Silva (Carvalho), nascida em São Paulo, SP, filha do português Diogo da Silva de Carvalho e da brasileira Paula da Costa. Martinho faleceu em 1725, e Isabel em 1726.
1.5. Balthazar de Borba Gatto, nascido em 1669. Casou-se com Leonor de Lemos e Moraes, nascida por volta de 1675, viúva do português Jerônimo Machado (falecido em 1695, filho de Christóvão da Silva e de Maria Martins, e viúvo de Maria Fernandes e de Maria Egipcíaca de Arzam), filha de Balthazar de Lemos e Moraes e de Maria Bueno de Camargo. Balthazar faleceu por volta de 1719, e Leonor casou-se pela terceira vez, com João Pinto Guedes, viúvo de Catharina Barbosa de Lima. Sem filhos deste terceiro casamento. Leonor faleceu em 3 de Agosto de 1725, em seu sítio em Guarapiranga e foi sepultada na matriz de Santo Amaro, SP.
Balthazar foi para as minas, onde faleceu em Vila Rica. Foi sepultado em Nazaré Paulista, SP.
1.6. Anna da Veiga de Linhares (?), casada com Antonio Alves Machado. Antonio faleceu antes de 1700.
